Der Konstanzer Bischof und St.Galler Abt Salomo III. erbaute zu Beginn des 10. Jahrhunderts einen Turm als weltliches Verwaltungszentrum der bischöflichen Güter sowie die Stiftskirche St. Pelagius. Dem Etappenort zwischen den beiden Machtzentren Konstanz und St.Gallen verdankt die Stadt den Namen als «des Bischofs Zelle». Der Landadel nahm bald in bewehrten Freihöfen Wohnsitz. Handwerker und Händler siedelten sich an. 1248 wird Bischofszell erstmals als Stadt urkundlich erwähnt.

Bischofszell erlebte drei Stadtbrände: 1273, 1419 und 1743. Der Letzte war der Schlimmste. Rund siebzig Häuser fielen den Flammen zum Opfer, darunter auch das Rathaus. Die Gebrüder Grubenmann aus dem Ausserrhodischen planten den Wiederaufbau der Stadt und errichteten ein Dutzend stattliche Bürgerhäuser, unter anderen das Museum, das Dallerhaus und das Scherb-Doppelhaus mit der einzigartigen Fassadendekoration. 1987 wurde die Stadt Bischofszell als erste Thurgauer Gemeinde durch den Schweizer Heimatschutz mit dem renommierten Wakkerpreis geehrt.